藍莓苗木為淺根系，沒有，主要分布在淺土層，向外擴展至行間中部。在一年內藍莓苗木根系隨土壤溫度變化有兩次生長高峰。次出現在6月初，第二次出現在9月份。兩次生長高峰出現時，土壤溫度為14℃和18℃。土溫低于14℃、高于18℃時根系生長減慢，低于8℃時根系生長幾乎停止。
  根系生長高峰出現時，地上部枝條生長高峰也同時出現。矮叢藍莓苗木根系的主要部分是根狀莖。據估計，矮叢藍莓苗木大約85%的莖組織為根狀莖。不定芽在根狀莖上萌發，并形成枝條。根狀莖一般為單軸形式，直徑3～6mm。根狀莖分枝，在地表下6～25mm深的土層內形成緊密（）的網狀結構。
  新發生的根狀莖一般為色，而老根狀莖為暗棕色并且木栓化。矮叢藍莓苗木的根系分布在上層中的有機質層。藍莓苗木根系呈纖維狀，沒有，但在自然狀態下，藍莓苗木根系與菌根共生形成菌根。侵染藍莓苗木的菌根統稱為石桶屬菌根，專一寄生于石桶屬植物。